《複眼人》是一部包羅萬象又難以歸類的作品。小說家何致和在書評裡寫道：「那裡面有婆娑海洋，有三座分屬於童話、科幻以及未來的島嶼。一群來自不同地域、族群，各有著傷心過往的人，與島嶼崩裂的山脈和被上升海水侵蝕後退的海岸一樣，都擁有破碎的身世……。」
要說《複眼人》究竟講的是什麼故事？實在不容易。簡單來說有兩條主線，一條是次子阿特烈，他從故鄉「瓦憂瓦憂島」遭流放，接著轉乘「葛思葛思島」這個漂浮的交通車，最後抵達花東海岸上了台灣島。認識阿莉思之後，再搭乘自己的小船飄回太平洋……。阿特烈的故事裡有夜晚是鬼魂、白天會化為抹香鯨的少年，有能與人溝通的「說話笛」，有喝了會看到自己未來的「奇恰酒」……。
另一條線是阿莉思。她在故事一開場時就想自殺。她是東海岸H縣的中文系教授，她的丹麥籍丈夫帶著孩子托托，登山失蹤。在一次地震之後，海平面上升，她的房子成為危樓，在窗外發現了一隻蜷縮的幼貓，成為她堅決求死下唯一的掛念，她叫牠「Ohiyo」……。
書中還有足以各自發展成獨立長篇的其他故事：哈凡、伊娜v.s她們的違章部落；達赫、小米v.s他們的山與森林；薄達夫、李榮祥v.s他們的隧道工程；莎拉、阿蒙森v.s他們的保育組織……。盤根錯節，全因一座撞向台灣的垃圾島，讓每個人像太平洋渦流一樣捲在一起。